Основным местом съемок библейских сцен была Болгария. Болгары создали целый комплекс античных построек, который практически полностью соответствует дворцу Ирода в Иерусалиме.
В Израиле, учитывая сложную политическую обстановку в стране, снимали только общие планы Иерусалима.
Античность режиссеру удалось отыскать даже в Крыму. «Ворота судакской крепости очень похожи на ворота древнего Иерусалима. А фонтаны Ливадийского дворца, как ни странно, весьма напоминают фонтаны дворца Ирода», — считает Бортко.
Москву 30-ых годов снимали по большей части в Санкт-Петербурге.
Роль Воланда была предложена Олегу Янковскому, который от воплощения этого образа решительно отказался. Предполагалось так же, что в роли Воланда мог сняться кто-нибудь из западных звезд. По крайней мере, известно, что велись переговоры с Гари Олдменом, с Жаном Рено и с Клаус Марией Брандауэром.
На роль Маргариты пробовалось несколько актрис — Ингеборга Дапкунайте, Виктория Толстоганова, Анна Ковальчук. «Мне не важно, будет актриса известной или нет, главное, она должна полностью соответствовать моим представлениям о Маргарите,- говорил Владимир Бортко еще до того, как остановил свой выбор на актрисе театра им. Ленсовета Анне Ковальчук.
Бортко начинал снимать фильм четыре года назад, но тогда проект был прекращен, практически не начавшись. Но актеры уже были определены. В том фильме должны были бы играть Галина Тюнина (Маргарита), Сергей Маковецкий или Алексей Горбунов (Мастер), Дмитрий Певцов (Иешуа), Виктор Сухоруков (Варенуха).
Первая экранизация романа принадлежит известному польскому режиссеру Анджею Вайде, который в 1971 году снял фильм «Пилат и другие». В 1972 году на экраны вышел итало-югославский фильм «Мастер и Маргарита» режиссера Александра Петровича. В 1988 году опять же поляк Мачек Войтышко снял по роману семисерийный фильм для ТВ.
В 1987 году роман пытался экранизировать Элем Климов, в проекте хотел поучаствовать Голливуд. В это же время Владимиру Бортко, выпустившему в прокат фильм «Собачье сердце», предложили снять «Мастера и Маргариту» для центрального телевидения. Но тогда Бортко отказался из-за дружбы с Климовым.
Замысел снять «Мастера» был и у Владимира Наумова.
На роль Мастера изначально планировался Олег Меньшиков.

Накануне своего сорокалетия герой фильма пытается подвести итоги прожитых лет. Увы: он подводит их, а они подводят его. Ничто не приносит ему удовлетворения и счастья: ни любящая жена, ни юная любовница, ни друзья, ни работа…

Балаян рассказывал, что во время съемок «Полетов во сне и наяву» на площадке звучала музыка из фильма «Восемь с половиной» - целью режиссера было создание такого же настроения.
В фильме вместо Янковского поначалу должен был сниматься Никита Михалков.