Основным местом съемок библейских сцен была Болгария. Болгары создали целый комплекс античных построек, который практически полностью соответствует дворцу Ирода в Иерусалиме.
В Израиле, учитывая сложную политическую обстановку в стране, снимали только общие планы Иерусалима.
Античность режиссеру удалось отыскать даже в Крыму. «Ворота судакской крепости очень похожи на ворота древнего Иерусалима. А фонтаны Ливадийского дворца, как ни странно, весьма напоминают фонтаны дворца Ирода», — считает Бортко.
Москву 30-ых годов снимали по большей части в Санкт-Петербурге.
Роль Воланда была предложена Олегу Янковскому, который от воплощения этого образа решительно отказался. Предполагалось так же, что в роли Воланда мог сняться кто-нибудь из западных звезд. По крайней мере, известно, что велись переговоры с Гари Олдменом, с Жаном Рено и с Клаус Марией Брандауэром.
На роль Маргариты пробовалось несколько актрис — Ингеборга Дапкунайте, Виктория Толстоганова, Анна Ковальчук. «Мне не важно, будет актриса известной или нет, главное, она должна полностью соответствовать моим представлениям о Маргарите,- говорил Владимир Бортко еще до того, как остановил свой выбор на актрисе театра им. Ленсовета Анне Ковальчук.
Бортко начинал снимать фильм четыре года назад, но тогда проект был прекращен, практически не начавшись. Но актеры уже были определены. В том фильме должны были бы играть Галина Тюнина (Маргарита), Сергей Маковецкий или Алексей Горбунов (Мастер), Дмитрий Певцов (Иешуа), Виктор Сухоруков (Варенуха).
Первая экранизация романа принадлежит известному польскому режиссеру Анджею Вайде, который в 1971 году снял фильм «Пилат и другие». В 1972 году на экраны вышел итало-югославский фильм «Мастер и Маргарита» режиссера Александра Петровича. В 1988 году опять же поляк Мачек Войтышко снял по роману семисерийный фильм для ТВ.
В 1987 году роман пытался экранизировать Элем Климов, в проекте хотел поучаствовать Голливуд. В это же время Владимиру Бортко, выпустившему в прокат фильм «Собачье сердце», предложили снять «Мастера и Маргариту» для центрального телевидения. Но тогда Бортко отказался из-за дружбы с Климовым.
Замысел снять «Мастера» был и у Владимира Наумова.
На роль Мастера изначально планировался Олег Меньшиков.

В основе этого фильма рассказ о том, как непросто создать настоящую футбольную команду, подготовить игроков для участия в отборочном турнире и, в дальнейшем, к успешному выступлению на чемпионате мира.

Фильм повествует о последних мирных днях перед Великой Отечественной войной и первых боях с немецкими захватчиками. Напряжена до предела обстановка на границе, бесконечные провокации со стороны фашистов. Героическая оборона рубежей СССР в первые дни войны пограничников, первыми вступившими в бой с фашистами.

Большая часть фильма снималась в 89-м Брестском пограничном отряде Западного пограничного округа КГБ СССР летом 1985 года. В качестве натуры использовался старый комплекс 14-й пограничной заставы, т.к. к тому времени была построена новая застава, и командование погранокруга разрешило отдать старую заставу «на растерзание» съемочной группе. Сцены у реки снимались на Бугском канале, за пределами пограничной зоны.

Отряд Млынского получает задание идти на помощь интернациональному соединению поляков, чехов и словаков и вместе с ними захватить полигон, где нацисты испытывают новое секретное оружие — ФАУ.

Прошло два года войны. Отряд особого назначения под командованием майора Млынского, выполняя задания командования, продолжал боевые действия в тылу врага.

В августе 1941 года, когда Красная Армия, ведя ожесточенные бои с превосходящими силами противника, отходила на восток, бывший чекист майор Млынский возглавил отряд из оставшихся в живых бойцов 315 полка 41-й стрелковой дивизии. Отряд начнет упорную борьбу с захватчиками в его тылу.

В 1990 году группа «Любэ» спела песню про главных героев фильма — «Атас».
Высоцкий на съёмках проявил задатки режиссёра. Он поставил сцену допроса Груздева, помог создать образ шепелявого карманника Кирпича Станиславу Садальскому, придумал эпизод с фотографией Вари, которая должна была спасти Шарапова, на двери подвальной каморки.
Когда снимался эпизод с Светланой Светличной, она не знала, куда девать свои руки, и поэтому вся сцена выглядела неестественно. Высоцкий придумал выход: занять руки Светличной механическим протиранием тарелки.
Вопреки договору между Гостелерадио СССР и Одесской киностудией, фильм получился не из семи серий, а из пяти. Две «лишние» серии сократили перемонтажом по требованию Гостелерадио.
Была изменена концовка картины. В романе и в первоначальной версии фильма Шарапов в конце узнаёт, что его любимая Варя погибла.
В романе Глеб Жеглов — молодой человек 25 лет, член комсомольского актива МУРа. По фильму персонажу Высоцкого 40 лет (как он сам заявляет «Копчёному»), Шарапову же 25 лет (именно такую цифру он называет Михаилу Михайловичу), как и в книге.
Шарапов ездил на съёмную квартиру Груздева на электропоезде ЭР1, который начал выпускаться на Рижском вагоностроительном заводе лишь в 1957 году.
В сцене погони за Фоксом, в окне автобуса видны проезжающие ГАЗ-21 (выпускавшиеся с 1956 года) и пара ЕрАЗов (выпуск с 1967 года).
Когда Шарапов гуляет с Варей по Москве, на заднем плане проезжает УАЗ-469, который начали выпускать только в 1972 году.
В сцене показа моды 1945 года, на заднем плане видна торговая палатка с надписью «Мороженое». Эти палатки появились только в 1970 году.
14 апреля 2009 года в Киеве возле здания МВД Украины открыли памятник Жеглову и Шарапову.
Памятник В. Высоцкому в образе Глеба Жеглова установлен в Мариуполе в центре города, рядом с рестораном «Место встречи».
В ресторане, где Фокс танцует с официанткой, за одним столиком с Жегловым сидит дочь писателя Аркадия Вайнера Наталья Дарьялова и сын друга Высоцкого Вадима Туманова, Тараскин танцует с Ларисой Гузеевой, а на заднем плане среди музыкантов на саксофоне играет Сергей Мазаев. Он же играет в составе оркестра в последней серии, в кинотеатре перед показом фильма (песня «Неудачное свидание»).
Члены преступной группировки (по именованию сотрудников МУРа «Банда высокого Блондина»), ставшей прототипом банды «Черная кошка», жили в подмосковном Красногорске. Они работали на Красногорском механическом заводе, а в свободное время промышляли грабежами сберкасс. В ликвидации этой банды принимал участие легендарный сыщик Игорь Скорин, послуживший прототипом полковника Данилова — главного героя серии произведений Э. Хруцкого, два из которых были экранизированы: «По данным уголовного розыска» и «Приступить к ликвидации». Крылатая фраза «А теперь — Горбатый!» была произнесена возле частного дома в деревне Губайлово (ныне это микрорайон Красногорска).
Лариса Удовиченко утверждает, что ставшая крылатой фраза «Облигация или Аблигация?» вырвалась у неё нечаянно, так как она в тот момент действительно не знала правильного написания этого слова. Этот эпизод включён в финальную версию фильма.
В фильме использованы материалы реально существовавшего уголовного дела. В первой серии Жеглов рассказывает Шарапову об одном случае из своей практики: убийство и инсценировка бандитского нападения. Такое преступление действительно было в Москве — дело бывшего зампреда военного трибунала войск НКВД Крылова, которое расследовал один из прототипов Шарапова Владимир Павлович Арапов. Имеет свою реальную основу и дело Груздева (кандидат медицинских наук Евгений Ильич Миркин в 1944 году был обвинён в убийстве своей жены и приговорен к смертной казни, однако работники МУРа сумели доказать его невиновность).